Можно ли на последней версии Godot сделать экспорт на Яндекс игры?

нет.
во-первых нет поддержки Instant Games Bridge. Хотя если знаешь другие SDK, то отлично
во-вторых, годот многопоточен и не поддерживает однопоток в данный момент. Для включения многопотока на я играх должна быть включена функция межстраничной изоляции, а без нее не работает реклама
поэтому ожидаем годот 4.3, где появится однопоток. Также в группе Instant Games Bridge вроде потихоньку собираются перекатывать сдк на 4 версию, так что, возможно, к концу году все будет