А в чем преимущества работы на заводе если труд наемного рабочего работая на себя стоит намного выгоднее?

Ну так пусть наёмный рабочий организует подобный завод, вложит в это свои деньги, наймёт работников, закупит оборудование и сырье, найдет покупателей на свой продукт...

Вот ты установи в своей спальне токарный или фрезерный станок и работай на себя. Только соседям это не очень понравится.

Наёмные работники не работают на себя. Они работают на частных предпринимателей, которые их эксплуатируют. Преимущество работы на заводе в том, что там выпускают технически сложные изделия, что требует большей квалификации, чем на работе в частном предприятии, где производят всякую мелочь, вроде железных дверей и шкафов.