Я понимаю, с изменением конфигурации , изменяется площадь участка, но как могут изменится длины сторон ?

если площадь меняется значит и стороны меняются

пример из геометрии: квадрат и ромб с одинаковыми длинами рёбер. площадь ромба будет меньше площади квадрата. И, по мере сужения ромба, его площадь будет стремиться к нулю. Это объяснение подходит и к другим фигурам

в земельных спорах возможно всё

по факту может меняться все. Опираться можно на чертеж с постановления о предоставлении участка. Но обмер производят по установленным в процессе жизнедеятельности более 15 лет используемых в качестве границ заборов и других видов ограждений. А суд смотрит на первоначальный чертеж если стороны не согласны с местоположением границ