Зачем компания платит компенсацию за потраченные обеды, вместо того чтобы сразу заплатить за них?

Все очевидно же.
Ваш работодатель имеет прямой контракт с кафешкой на питание сотрудников.

Работодателю более выгоднее (финансово) платить кафешке, чем платить живыми деньгами персоналу. Те ценник на еду в кафешке может быть 200р, а работодатель кафешке платить по себестоимости за это же блюдо 50р (как пример).
Понимаете? Если же платить живыми деньгами - то сумма для сотрудников всегда будет казаться маленькой , да и индексировать тогда сумму выплат нужно регулярно.

Те именно так работодатель убивает 2 зайцев сразу : 1. Может написать в описании к вакансиям типа у нас есть плюшка-"питание". 2. Сокращает свои затраты.

Питание сотрудников работодатель рассматривает как одну из форм мотивации персонала (к этой же форме относится дмс, оплата служебного авто или маршрутки до работы, корпоративы и тп).