С появлением в 17 веке первых аптек на Руси начинает складываться государственная медицинская служба. В те годы в аптеках не только продавали лекарства. Аптекари давали советы, как применять то или иное средство, и таким образом в известной мере врачевали больных.
Прообразом аптек были зелейные, москательные и овощные лавки. Их владельцы, так называемые «лавочные сидельцы» , или «зелейники» , торговали лекарственными травами, готовили из них сложные композиции, изучали целебное действие различных лекарственных растений.
Первый дипломированный аптекарь появился в Москве в 1581 году. Это был Джеймс Френчем, который приехал с рекомендательным письмом от английской королевы Елизаветы в группе медиков по просьбе Ивана Грозного. Он открыл аптеку в Кремле, против Чудова монастыря. Эта аптека обслуживала только царскую семью.
В 20-х годах XVII века был основан Аптекарский приказ. Он стал центральным правительственным органом, ведающим всем врачебным делом в стране. В его обязанности входило наблюдение за врачевателями всех категорий. В ведении Аптекарского приказа было назначение врачей в армию, обеспечение полковых аптек медикаментами, проведение судебно-медицинской экспертизы. Он «прилагал старания о всеобщем здравии сограждан, о воспрепятствии распространения прилипчивых болезней» , а также осуществлял контроль за качеством лекарств, применяемых лекарями и отпускаемых аптеками и лавками. В задачу Аптекарского приказа входило разведение и сбор лекарственных растений в аптекарских огородах (садах) , которые были известны в Москве еще со времен Ивана Ш. При Петре I аптекарский огород, находившийся у кремлевской стены, был переведен в Мещанскую слободу (ныне проспект Мира) , а в 1805 году перешел в собственность Университета и стал называться Ботаническим садом.
Аптекарский приказ создал довольно стройную по тем временам систему сбора лекарственных растений. Сбор лекарственных трав возлагался на податные сословия в качестве обязательной повинности. Существовал и целый штат особых сборщиков — «травников» . Лекарственное сырье поступало на особые склады, так называемые аптекарские дворы. В XVII веке в Москве их было несколько: на Варварке, близ Арбатских ворот, на Смоленской улице возле Воздвиженского монастыря. Сохранилось лишь одно из строений этого двора (трапезная) на территории Музея архитектуры имени А. В. Щусева.
Первая аптека для населения в Москве была открыта в 1672 году. Предназначенная для свободной продажи лекарств, она была учреждена на коммерческой основе и располагалась на бойком месте — в новом гостином дворе на Ильинке. На эту аптеку возложили снабжение войск лекарствами, а населению здесь продавали лекарства по цене, обозначенной в «указной книге»— так назывался первый ценник лекарств.
Ни новая, ни старая (царская) аптеки не сохранились. До нас дошло лишь изображение здания Земского Приказа, построенного царем Федором Алексеевичем в 1680 году на Красной площади у Воскресенских ворот (на месте нынешнего Исторического музея) . В 1699 году Петр I открыл в нем Главную казенную аптеку.
Здание Земского Приказа