16 декабря того же года Великим магистром Мальтийского ордена был избран Павел I. В Петербурге состоялась пышная церемония, на которой Павел возложил на себя знаки нового сана: рыцарскую мантию, корону, меч и крест.
В императорский титул были включены слова: «...и Великий магистр Ордена св. Иоанна Иерусалимского» . Резиденция ордена была перенесена в Петербург.
Последовали изменения и в Российском государственном гербе. 10 августа 1799 г. высочайшим указом было повелено изготовить печати с новым гербом. Он представлял собой двуглавого орла с императорскими коронами, на груди орла помещался щиток с Московским гербом, наложенный на Мальтийский крест.
13 октября 1800 г. на рассмотрение императора был представлен проект «Манифеста о полном гербе Всероссийской империи» .
Павел I изменил композицию герба: государственный орел стал помещаться в центре на щите с тремя императорскими коронами на золотом поле, с золотыми скипетром и державой в когтях. На груди орла в щите изображался св. Георгий Победоносец, а вокруг центрального герба - восемь коронованных щитов с Киевским, Владимирским, Новгородским, Казанским, Астраханским, Сибирским, Таврическим гербами и гербом герцогства Голштинского - родового герба отца Павла, императора Петра III. Это было первое включение в состав Российского герба эмблемы территории, не входящей в состав Российской империи. Остальное пространство большого главного щита разделялось на тридцать три поля, в которых по порядку следовали титулы Его императорского величества. Тридцать четвертым значился герб Державного ордена св. Иоанна Иерусалимского. Большой щит покоился на Мальтийском кресте, увенчанном золотой короной. Щит был украшен золотым шлемом с императорской короной, а по бокам находились два щитодержателя: архангелы Михаил и Гавриил.
Герб венчала большая императорская корона и под ней императорский золотой балдахин, из-под которого выходила подбитая горностаем императорская мантия с черными российскими орлами. Весь щит был окружен цепью ордена св. апостола Андрея Первозванного. За щитом располагались накрест два золотых императорских штандарта.
Но издан «Манифест» так и не был.
После кончины Павла I, 16 марта 1801 г. последовал манифест императора Александра I, по которому он отказывался от звания Великого магистра Мальтийского ордена. Указом от 26 апреля того же года был восстановлен прежний герб, существовавший до 1796 г. , то есть без креста ордена св. Иоанна Иерусалимского.
Государственному орлу была придана не геральдическая, а произвольная форма. Орел имел широко распущенные крылья и держал перевитые лентами громовые стрелы и факел в правой лапе, а лавровый венец - в левой. Исчезла династическая Андреевская цепь, а на груди орла появился нетрадиционный, заостренный кверху щит с Московским гербом. Изображения двуглавого орла в это время очень разнообразны: он мог иметь и одну и, и три короны; в лапах - не только ставшие уже традиционными скипетр и державу, но и венок, молнии (перуны) , факел. По-разному изображались крылья орла - поднятыми, опущенными, расправленными.