Появление бурых водорослей в аквариуме – признак недостаточности освещения. Поэтому основной метод борьбы с этими водорослями – установление правильного светового режима. Правильно подобранная мощность осветителей и достаточная продолжительность светового дня не только позволят избавиться от бурых водорослей, но и предотвратят их появление в дальнейшем. Применение каких-либо химических веществ и антибиотиков для борьбы с бурыми водорослями нецелесообразно
Более подробно тут.
http://www.aquaria.ru/books/cir.shtml?9