Можно конвертировать FLV в AVI, после чего вытащить звук VirtualDubом (File ---> Save WAV). Можно - повторно записать (оцифровать) аналоговый звук с выхода звуковой карты. Если у Вас карта фирмы Creative - в числе источников сигнала для записи окажется доступен виртуальный вход WhatYouHear, раньше он назывался LoopBack. Для звукозаписи я считаю удобным использовать программу Cowon JetAudio (могу прислать) , но функция LoopBack привносится не этой программой, а драйвером звуковой карты. По крайности, можно записывать на линейный вход звуковой карты другого компа (вполне достаточно Пентиум-1) или просто на магнитофон.