Есть сорт лилии декоративной - Мартагон. Как правильно ставить ударение: мАртагон или мартагОн?

ответ второе правильно.

Позвольте ответить ботанику? )

Lilium martagon - не сорт.
Это природный вид лилии. Да, она декоративная, да, она культивируется, и на основе её выведены сорта, но по происхождению это именно природный вид.
(См. фото на http://www.plantarium.ru/page/view/item/22760.html )
Раньше этот вид определяли довольно "широко", и так называли все более-менее похожие лилии; теперь разобрались и дали названия точнее: кавказские выделены в отдельный вид - Lilium caucasicum (см. http://www.plantarium.ru/page/view/item/22743.html ), сибирские и дальневосточные - Lilium pilosiusculum (см. http://www.plantarium.ru/page/view/item/22774.html )
Они часто все называются по-русски "саранка" и/или "царские кудри".

Так вот, о произношении: категорически только на первый слог ударение здесь. Таковы правила чтения латыни.
В единственном числе - Лилия царские кудри (саранка) ; во множественном - Лилии царские кудри (саранки) . Или просто - саранки.
"мартагоны" - это грубый жаргон, не более того.