Срок выезда!

а виза Шенген у вас есть?

так и делается, добираются до ближайшей границы РФ с другим государством, ставят отметки в паспорте и на обратном пути берут новую миграционку. Насчет Калининграда выясните условия транзитного проезда ж/д транспортом через страны Шенгена ( Литва) , для гр. РФ в этом случае не требуется оформление транзитной визы, с вашим государством могут быть другие отношения. Может до Украины лучше добраться, Белоруссия не в счет, у нее с РФ единые границы.

а 90 дней вам не надо побыть за границей?