Стоит ли брать видеокарту с референсным охлаждением .

Смотря какую, например референсная GTX 970/980 на порядок тише и холоднее чем референсная R9 290(X)

а вообще референсные лучше подходят когда их устанавливают в паре (ну или более) , т. к. они выгоняют нагретый воздух наружу корпуса

Обычно не стоит. У них шумное и не очень эффективное охлаждение, как правило