"Нет (?) конечно".
По правилам русской пунктуации запятая в данном случае СТАВИТСЯ: "Нет, конечно".
Т. к. :
1)
http://www.rusyaz.ru/pr/pz12.html§ 158.
Запятая ставится после слов ДА, КОНЕЧНО и т. п. , обозначающих утверждение, после НЕТ, обозначающего отрицание, после КАК ЖЕ, ЧТО ЖЕ, обозначающих подтверждение, согласие и т. п. , после ЧТО, обозначающего вопрос, если эти слова тесно связаны с непосредственно следующим за ними предложением, раскрывающим их конкретный смысл <...>.
2)
http://www.rusyaz.ru/pr/pz09.html Примечание 2. Следует различать употребление одних и тех же слов и оборотов то в качестве вводных (и, следовательно, выделяемых запятыми) , то в качестве усилительных (и запятыми не выделяемых) , например:
Вы всё это понимаете, конечно? (конечно — вводное слово) .
Вы-то конечно приедете раньше меня (конечно, произносимое тоном уверенности, — усилительное слово) .
***
!!! Правила русской орфографии и пунктуации - см. :
http://www.rusyaz.ru/pr/***
Надо ставить запятую там, где стоит знак вопроса?