Что мешает rj-45 стать таким же компактным как и мини юсб или юсб type-C?

Потому что там интернет приходит.

Это стандарт. Твоя компактность не упёрлась, этот надёжнее.

в ноутах этого разъёма давно нет, в телефонах тем более не нужен, зачем уменьшать?

Всё просто.
Размеры обусловлены радиофизическими параметрами, такими как волновое сопротивление и ёмкость переходов. При любых иных размерах (в любую сторону) изменится коэффициент стоячей волны со всеми вытекающими отсюда следствиями - изменится пропускная способность канала, увеличатся паразитные наводки, что в свою очередь повлияет на скорость прохождения сигнала и его пинг.