Должен ли ИП платить за работника, нанятого по договору разового подряда налоги, если он платит УСН 6%?

В Вашем вопросе есть очень серьезное противоречие. Работник нанаят по договору подряда. Если при проверке налоговики докажут что это был не договор подряда, а трудовые отношения у Вас будут проблемы, как минимум Вам доначислят НДФЛ, как налоговому агенту, взносы в ПФ и Страховые. Если это реальный договор подряда то Вы никаких налогов платить не должны, единственное, что в течение месяца после оплаты работ по договору подряды Вы должны будете сообщить в налоговый орган о том что произвели выплату физическому лицу и не удержали НДФЛ. Вы ищите пути минимизации налогового бремени. Не жадничайте. Обратитесь в консалтинговую фирму Вам там все разъяснят и даже дадут письменные рекомендации как можно поступить в соответствии с законом.