Конечно, разные: древнееврейское и греческое!
Мария - горькая, Марина - морская.
Тайна имени Мария
ЗНАЧЕНИЕ, ПРОИСХОЖДЕНИЕ. Предположительно от древнееврейского - противиться, отвергать, быть горьким; святая, высокая, горькая, любимая, упрямая, печальная; упрямство, превосходство, госпожа.
Тайна имени Марина
ЗНАЧЕНИЕ, ПРОИСХОЖДЕНИЕ. Имя Марина - женская форма старинного редкого имени Марин, происходящего от латинского слова <маринус> - морской.
Хорошее, надежное и радостное имя внешне очень простой женщины. Его звучание рисует образ мягкой и цельной натуры, которая, подобно упругой волне, уверенно черпает из глубины чувств яркость своих эмоций.
См. также:
http://www.infoname.org/marina.html и
http://www.infoname.org/marija.html