Могут такой договор проверяющие органы (или суд) признать как трудовой?

Данный договор является гражданско-правовым, отношения между сторонами которого регулируются гражданским законодательством.
В частности, если был заключен гражданско-правовой договор там, где должен был быть заключен трудовой, то по решению суда он может быть переквалифицирован в трудовой договор, что повлечет за собой выплату работодателем заработной платы, включение сотрудника в штат, оплату морального вреда причиненного работнику и судебных издержек, при этом работодателю так же придется доначислить ЕСН в части ФСС и пени, накопившиеся за период неуплаты налога.

Возможность переквалификации в судебном порядке гражданско-правового договора в трудовой, если суд примет решиение, что именно таким договором фактически регулируются трудовые отношения между работником и работодателем (ст. 11 ТК РФ) .

Но в данной ситуации мало шансов для признания данного договора трудовым, так как:
Во-первых, оформленный трудовому договору сотрудник на возмездной основе лично выполняет определенную трудовую функцию связаную с личной трудовой способностью работника, распоряжаться которой может только он сам, например: системного администратора, главного бухгалтера, юриста и т. п. , а не определенную работу или услугу и подчиняется при этом установленным в организации правилам внутреннего трудового распорядка, которые как правило регламентируются должностными инструкциями.
По гражданско-правовому договору, работник выполняет определенные действия по заданию работодателя и обязан обеспечить результат, оговоренный в гражданско-правовом договоре, не подчиняясь при этом правилам внутреннего трудового распорядка организации.
Стоит так же отметить, что в договоре гражданско-правового характера вносить формулировку подобные: "лицо обязано соблюдать внутренний трудовой распорядок предприятия", строго запрещено, иначе это может повлечь за собой переквалификацию гражданско-правового договора в трудовой, что приведет в вышеописанным последствиям.
Во-вторых, оформленный по трудовому договору работник занимает подчиненное положение по отношению к работодателю, в то время как при гражданско-правовых отношениях работник и работодатель равноправны.
В-третьих, по трудовому договору оплата работы сотрудника должна производиться не реже 2 раз в месяц, в то время как по гражданско-правовому договору выплата денежного вознаграждения определяется соглашением сторон.
В-четвертых, трудовой договор может быть срочным только в единственном случае, а именно когда сотрудник принятый на работу по трудовому договору замещает врменно отсутствующего работника, в то время как гражданско-правовой договор заключается определенный срок или до возникновения оговоренного результата.
В-пятых, если при оформлении с помощью трудового договора работник выполняет определенную трудовую функцию, регулируемую внутренними должностными иструкциями, то при оформлении посредством гражданско-правового договора ориентирован на получение конкретного овеществленного результата от выполненных работ или оказанных услуг.