Входят ли при обмере БТИ закрытые гипсокартоном трубы и канализационный стояк в жилую площадь?

Стояк никуда не входит! Т. к. он изначально обозначен на плане как отверстие, технические отверстия никогда в площадь не включали, в СНИПе (жилые здания посмотрите, там есть специальная графа, определение площадей) поглядите. , площади меряют по котуру стен, по плану! Если вы его обшили типа с запасом, тогда вы уменьшили площадь квартиры, и по идее это должны учесть при обмерах, но если там несколько десятков см. , то можно и забить.
СП 31-107-2004 АРХИТЕКТУРНО-ПЛАНИРОВОЧНЫЕ
РЕШЕНИЯ МНОГОКВАРТИРНЫХ ЖИЛЫХ ЗДАНИЙ
Приложение Д, п. 3, цитата "В площадь этажа не включается площадь проемов для лифтовых и других шахт. " Стояк не сам по себе, он проходит в шахте, изначально это отверстие на плане обозначено как отверстие с пометкой ВК или типа того (ВК это водопровод и канализация) . Качайте, читайте СП 31-107-2004.doc.html
Ток не запутайтесь там с площадями этажей и т. д. , там разные правила подсчета, площади этажей по внутреннему контуру наружних стен считаются, а площади квартир по внутренему контуру стен комнат. Т. е. площади стен, шахт в площадь квартира не входят.