Как подключить сайт к двум базам данных?

некак

Если базы - разные серевера, то, насколько я помню, mysql_connect() возвращает линк, обычно на это не обращают внимания. Но все функции типа mysql_query() принимают параметр $link, в который можно передать значение, полученное в mysql_connect.
Если это разные базы одного сервера, то mysql_select_db() перед каждым запросом или полностью квалифицированное имя таблицы - имя_базы. имя_таблицы, если выбрана не та база.