Чем обоснован штраф налоговой за ненахождение юр. лица по юр. адресу, если юр.лицо сдает нулевые балансы?

Нулевые балансы здесь ни при чем, вы обязаны отчитываться, пока существуете, штраф налоговой совершенно обоснован, вы подали им заведомо ложную информацию о месте нахождения либо не предоставили информацию об изменении места нахождения.

Положениями Налогового Кодекса.

Читайте:
Если налоговикам известно, где конкретно располагается подотчетная фирма, то все свои требования они должны направлять на фактический, а не на юридический адрес. Такой вывод содержится в постановлении ФАС Московской области от 5 апреля 2007 г. по делу № КА-А40/2250-07.

Значит ФАС допускает, отличие юр и фактического адреса! И в данном Постановлении - ФАС на стороне налогоплательщика!