второй вариант наверно хотя, в зависимости от ситуации past continious употребляется когда одно действие прерывает другое, так что скорее всего past simple
Возможны оба варианта. What were you doing - если интересует собственно процесс, What did you do - если интересует результат действия, а сам процесс как-то параллелен:)))