"Одежда" пингвина для перины не годится: пуховых перьев нет.. .
Многочисленные мелкие, недифференцированные, похожие скорее на волоски перья, из которых состоит оперение, почти у всех видов пингвинов имеют на спине серовато-голубой, переходящий в чёрный оттенок, а на животе белые. Такая окраска является маскировочной для многих морских животных (например дельфинов) . Самцы и самки очень похожи, хотя самцы чуть больше по размерам. Очень заметное оранжево-жёлтое украшение на голове имеют большинство пингвинов рода хохлатые (Eudyptes).
Оперение детёнышей чаще серое или коричневое, однако у некоторых видов бока и живот имеют белый окрас.
По окончании высиживания яиц и выращивания птенцов у пингвинов начинается линька — смена оперения. Во время линьки пингвины сбрасывают большое количество перьев одновременно и на это время не способны плавать в воде и остаются без пищи до тех пор, пока не отрастут новые перья. Новые перья вырастают под старыми и как бы выталкивают их. В этот период, длящийся у разных видов от двух до шести недель, птицы используют запасы жира вдвое быстрее. Субантарктические пингвины (Pygoscelis papua) и галапагосские пингвины (Spheniscus mendiculus) не имеют чёткого периода линьки, у этих видов она может начаться в любой момент между высиживанием птенцов. У птиц, не высиживающих птенцов, линька практически всегда начинается раньше, чем у остальных.