если исчезают, их кто-то удаляет или переносит в другую папку: или программа или кто-то имеет доступ к вашей почте. Смените пароль на всякий случай. И настройте фильтры, об этом подробнее здесь http://www.mail.ru/pages/help/245.html
Если вы или кто-то другой, кто имел доступ к вашему почтовому ящику, их не удаляли, то ...
Возможно, письма скачала почтовая программа.
Письма, скачаные почтовой программой, восстановить в почтовом ящике на сервере невозможно.
Для того, чтобы сохранять письма на сервере, нужно поставить соответствующую галочку на странице:
в Outlook Express:
В меню Сервис (Tools) выберите пункт Учетные записи (Accounts). В окне Учетные записи в Интернете (Internet Accounts) выберите нужную учетную запись и нажмите на кнопку «Свойства» (Properties). В новом окне перейдите на вкладку Дополнительно (Advanced) и в разделе Доставка (Delivery) установите флажок в поле Оставлять копии сообщений на сервере (Leave a copy of messages on server).
в Outlook 2007:
Сервис (Tools) – Настройка учетных записей – вкладка «Электронная почта» - кнопка «Изменить» - Другие настройки – вкладка «Дополнительно» – нажмите галочку Оставлять копии сообщений на сервере (Leave a copy of messages on server).
в Outlook:
Tools->accounts->properties->advanced->delivery->Leave a copy of messages on server
в The Bat!:
В меню Ящик (Account) выберите пункт Свойства почтового ящика (Properties). В новом окне перейдите в раздел Управление почтой (Mail management) и выберите опцию Оставлять письма на сервере (Leave messages on server).
в Thunderbird:
В меню Инструменты выберите пункт Параметры учетной записи. Перейдите в раздел Параметры сервера и установите флажок в поле Оставлять копии сообщений на сервере.
Письма, скачаные почтовой программой, восстановить в почтовом ящике на сервере невозможно.