Договор дарения квартиры близким родств: в НДФЛ-3 нет такого, считает налог 13% в элект/форме. Заполнять НДФЛ от руки?

А зачем это нужно? начнем с того, что формат декларации не предусматривает отражения доходов, не облагаемых в соответствии с п. 18.1 ст. 217 НК РФ)
Дарение квартиры близким родственником от налогообложения освобождено (п. 18.1 ст. 217 НК РФ) . При этом в НК РФ прямо содержится указание на то, что отчитываться о доходах, полученных в порядке дарения, обязаны физические лица "за исключением случаев, предусмотренных пунктом 18.1 статьи 217 настоящего Кодекса, когда такие доходы не подлежат налогообложению" (подп. 7 п. 1 ст. 228 НК РФ) .
Исходя из этого, при получении дохода (квартиры) в порядке дарения от близкого родственника у физического лица отсутствует обязанность по предоставлению декларации (об этом например письмо Минфина от 21.05.2009 № 03-04-05-01/314 http://www.klerk.ru/doc/152384). Если есть другие доходы, по которым необходимо отчитаться, этот доход отражать в декларации не нужно.
Если предоставить декларацию Вас обязывает налоговая, Вам достаточно направить в их адрес письмо в произвольной форме с приложением документов, подтверждающих, что даритель и одаряемый являются близкими родственниками. Привлечь Вас к ответственности за непредставление декларации в этом случае налоговый орган не имеет права.