Откройте сначала саму флешку, далее обычным способом - сервис-свойства папки-вид, там галочку поставьте или уберите где нужно. Это первое. А второе - Вы, похоже чего-то недоговариваете. Скрытыми файлы на флешке выполняет вирус autorun. Он не страшный, но ужасно назойливый. Если посетил он Вас - пишите в личку - научу как избавиться.