Как лучше работать на упрощенке с НДС или без НДС?

Просчитайте возможные расходы, если их много, то доход минус расход.
Да и вообще, смотря чем занимаетесь!

Мы когда открывались сначала сделали фирму УСН (без НДС) . Многие не хотели работать без НДС поскольку закупки были на большую сумму у покупателей (им не выгодно при таких больших затратах работать без НДС) и мы открыли еще одну организацию ООО с НДС.

Мы открывали ООО с НДС и ИП на УСН дох - расх, только с 2011 года Налоговая нагрузка вырастит на ИП, и спрос на ИП упал, поэтому мы в данный момент закрываем ИП, чтобы не платить взносы в ПФ и др. расходы.

На "упрощенке" вы работаете только без НДС! Все попытки "упрощенцев" накручивать НДС, выставлять счета-фактуры и т. д. череваты для их клиентов непринятием НДС к вычету, пенями, штрафами, судебными разбирательствами и прочими неприятностями.
УСНО безусловно выгоден для вас, особенно до следующего года, так как в этом случае предприятие сильно экономит на "зарплатных" налогах, но безусловно невыгоден для ваших клиентов.