Какие льготы остались у ФСБ, а каких их лишили?

Все как вы их назвали "льготы" называются гарантии и компенсации. В комментарии вы их перечислили. Если бы вы потрудились прочесть ФЗ "О статусе военнослужащих", то знали бы, что все вами перечисленное в нем описано и относится ко всем военнослужащим, а не только к в\служащим органов ФСБ.
Если вам интересно, то разница между МО и ФСБ только в том, что служба все таки старается соблюдать закон и обеспечивать своих сотрудников всем положенным.
Однако, не стоит забывать, что и требования к сотрудникам повыше, чем ко всем иным. Как при приеме на службу (родственники за границей) , так и вопросы прохождения службы (отпуск за пределами РФ-мечта любого прапорщика, а вот теплая точка-всегда пожалуйста и особо мнения не спрашивают))...