Посмотрите здесь:
http://antibiotic.ru/ab/pregnant.shtml Это таблица с указанием вида ЛС и возможностью его применения при беременности.
Если кратко, то используются антибиотики с доказанной безопасностью применения, выбор препарата зависит от срока, применяются только под контролем врача. Вообще многие антибиотики не предназначены для применения в домашних условиях. Только в амбулаторных.