Ответ на Ваш вопрос невозможен, ибо Вы не указали кто будет обращаться в суд - гражданин или юрлицо.
В какой форме будет обращение - в исковом или в форме заявления о признании незаконным действий (бездействй) налогового органа.
Все о пошлинах в НК РФ
http://www.consultant.ru/popular/nalog2/3_7.html#p8511 ОТправлять или нет исковое заявление (заявление) в налогоый орган будет зависеть от того в какой суд Вы будете обращаться, если в арбитражный, то да обязательно, вместе с другими документами, отсутствующии у налогового органа; если в СОЮ (в мировой суд) - то нет, это делает сам суд.
Удачи