1. Папка WinSxS содержит всю конфигурацию системы! всех компонентов! - поэтому чем больше компонентов, обновлений установлено, тем больше размер папки. После осознания этого факта, проблема размера папки WinSxS вам не покажется примитивной (читайте по ссылкам выше) .
2. Папка WinSxS содержит hard links(жесткие ссылки) на системые файлы расположенные в других местах. Поэтому Explorer покажет вам размер системы гораздо больший, чем это есть на самом деле (огромное число файлов посчитается не по одному разу) .
3. Папка WinSxS содержит подпапку Backup, где храниться копия восстановления системы. Если раньше она расла и росла после установки компонент, сервис паков, обновлений системы и драйверов, то сейчас через некоторое время папка будет самоочищаться.
Проблема размера системы самым серьезным образом проанализирована разработчиками Windows 7 (не только папки WinSxS!) и в систему внесены существенные изменения, которые не только уменьшили начальный ее размер, но и предотвращают ее раздувание со временем
Размер папки WinSxS в windows 7. Занимаемое дисковое пространство.