Банковская комиссия за обслуживание лимита овердрафта, законна или можно оспорить в суде???

Для сведения. ВАС РФ не в силе "отменить кредитные комиссии".
Теперь по сути. Да, взимание такой комиссии не законно, и здесь не важно, было ли это прописано в договоре. Суть такова. Комиссия за обслуживание кредита по смыслу выходит за рамки кредитного договора, то есть в рамках указанного договора она не должна взиматься. Вознаграждение за ведение счета - это институт уже совсем другого договора - договора банковского счета. Поэтому получается, что Вы обращаетесь в банк за выдачей кредита, а банк как бы навязывает еще и заключить договор банковского счета, то есть обуславливает выдачу кредита заключением другого договора, что прямо противоречит Закону о защите прав потребителей.

Можете обратиться в суд с требованием о применении последствий недействительности (ничтожности) условий кредитного договора в виде возврата суммы денег, которая уплачена в виде такой комиссии.

Кстати, вот тот прецедент ВАС, о котором Вы, судя по всему, упоминали в вопросе: Постановление Президиума Высшего Арбитражного Суда РФ от 17 ноября 2009 г. N 8274/09.

Но так как Вы пойдете судиться в суд общей юрисдикции, а не в арбитражный суд, то вот Вам кое-что из СОЮ:
Кассационное определение Санкт-Петербургского городского суда от 13 января 2011 г. N 33-260/2011 Нельзя согласиться с выводом суда о правомерности взимания истцом с ответчиков комиссии за обслуживание кредита по условиям кредитного договора.
В силу пункта 1 ст. 16 Закона РФ "О защите прав потребителей", условия договора, ущемляющие права потребителя по сравнению с правилами, установленными законами или иными правовыми актами РФ в области защиты прав потребителей, признаются недействительными.
Согласно п. 1 ст. 819 Гражданского кодекса Российской Федерации По кредитному договору банк или иная кредитная организация (кредитор) обязуются предоставить денежные средства (кредит) заемщику в размере и на условиях, предусмотренных договором, а заемщик обязуется возвратить полученную денежную сумму и уплатить проценты на нее.
Из положения "О правилах ведения бухгалтерского учета в кредитных организациях, расположенных на территории РФ" (Приказ Банка России N 302-П от 26.03.2007 года) следует, что условием предоставления и погашения кредита является открытие и ведение банком ссудного счета.
Ссудные счета не являются банковскими счетами и используются для отражения в балансе банка образования и погашения ссудной задолженности, то есть операций по предоставлению заемщиками и возврату им денежных средств (кредитов) в соответствии с заключенными кредитными договорами.
Действия банка по открытию и ведению такого счета не являются самостоятельной банковской услугой, и, соответственно, комиссия за выдачу кредита, за обслуживание и сопровождение кредита в рамках ссудного счета взиматься не должна.
Указанный вид комиссии, на взыскании которой настаивал банк за счет истицы, нормами ГК РФ, Закона о защите прав потребителей, другими федеральными законами и иными нормативно-правовыми актами РФ не предусмотрен.
Условия кредитного договора об уплате ответчиками комиссии за обслуживание счета ущемляют права потребителя по сравнению с правилами, установленными ст. 819 ГК РФ, ст. 5 Федерального закона "О банках и банковской деятельности", п. 2.1.2 Положения Центрального банка РФ от 31.08.1998 N 54-П "О порядке предоставления (размещения) кредитными организациями денежных средств и их возврата (погашения) ".
Таким образом, указанные условия в силу ст. 16 Закона РФ "О защите прав потребителей", ст. 168 Гражданского кодекса Российской Федерации являются ничтожными и не подлежит применению.
Если скажете из какого Вы города, могу и поближе к Вам практику поискать.