Давняя легенда соединяет имя Сальери с именем Моцарта, называя Сальери его предполагаемым убийцей; имя Сальери во многом стало нарицательным для обозначения зависти неталантливого человека к талантливому. Эта репутация Сальери в значительной степени основана на его образе в художественных произведениях: драме Пушкина «Моцарт и Сальери» поставленной по ней опере Римского-Корсакова, пьесе Питера Шеффера «Амадей» и др.
Взаимоотношения Моцарта и Сальери были неровными, и известно несколько резких высказываний о Сальери, принадлежащих самому Моцарту и его отцу. Однако высказывания эти, по большей части, относятся к началу 1780-х гг. и не отличаются от обычных отзывов темпераментного Моцарта о музыкантах-конкурентах. В то же время в последнем письме Моцарта жене Моцарт уделяет большое внимание посещению Сальери представления моцартовской «Волшебной флейты», описывая восторженную реакцию Сальери как нечто весьма важное для себя. Известно, что во второй половине 1780-х гг. Сальери дирижировал несколькими произведениям Моцарта, а после своего назначения капельмейстером придворной оперы прежде всего вернул в репертуар оперу Моцарта «Свадьба Фигаро». Существовало даже музыкальное сочинение, написанное Моцартом и Сальери совместно: песня для голоса и фортепьяно «На выздоровление Офелии» по случаю возвращения на сцену певицы Анны Сторэйс. В целом нет оснований полагать, что между Моцартом и Сальери существовала какая-либо особая вражда.
Происхождение легенды о Моцарте и Сальери имеет, по-видимому, национально-политический подтекст: на рубеже XVIII—XIX вв. музыкальным критикам и первым биографам Моцарта было важно подчеркнуть верность музыки Моцарта своей, австро-немецкой традиции, противопоставив её итальянскому влиянию. Олицетворять итальянский уклон в венской музыке был избран Сальери как наиболее авторитетный композитор итальянского происхождения — что вряд ли можно считать правомерным: Сальери жил в Вене с 16-летнего возраста и в музыкальном отношении был гораздо ближе к немцам, чем к итальянцам.