Что делать если неправильно начисляли зарплату?

Довольствующийся финансовый орган мог начислять Вам не правильно денежное довольствие, больше чем положено, в 2 случаях:
1. В результате ежемесячно (чуть меньше года) повторяющейся счётной ошибки. Например (условно) : (2000 +3000+2500+3000+3000) - 1755 = 12745, а правильно 11745 (где: 2000 - оклад по званию; 3000 -оклад по должности; 2500 - надбавка за выслугу лет; 3000- ежемесячное денежное поощрение; 3000-надбавка за сложность... ; 1755 - налог на доходы) , т. е. все составляющие денежного довольствия и удержания из него начислены правильно, однако их сложение или вычитание произведено с арифметической ошибкой, либо составляющие денежного довольствия, определяющиеся расчётным путём (надбавка за выслугу лет; поощрение, другие надбавки и доплаты) так же начислены с арифметической ошибкой. Иными словами, причина переплаты - неточности в вычислениях, возникшие при совершении математических (арифметических) операций. В этом случае удержание переплаты, в размере не превышающем 20% денежного довольствия, правомерно: на основании приказа командира части, изданного по результатам административного расследования и акта ревизии финансово-хозяйственной деятельности
2. В результате начисления составляющих денежного довольствия сверх причитающихся норм и размеров, предусмотренных законодательством РФ, приказами МО РФ и др. НПА, либо при отсутствии у Вас права (основания) на их получение. В этом случае удержание переплаты (не положенной выплаты) , не правомерно. Если Вы добровольно не желаете вернуть переплату (т. е. сумму переплаты внести наличными собственноручно в кассу довольствующего органа под квитанцию ф. 11 или приходный кассовый орган) , то удержание переплаты денежного довольствия должно производиться с виновных в этом должностных лиц (например финансовых работников) на основании приказа командира части (руководителя довольствующего финансового органа) , изданного по решению суда (по иску командира части (руководителя) к виновным должностным лицам) , по результатам административного расследования и акта ревизии финансово-хозяйственной деятельности, т. е. в соответствии с Федеральным Законом "О материальной ответственности военнослужащих".
Во всех случаях Вас должны были ознакомить с актом ревизии (проверки) , в ходе которой была выявлена переплата Вам денежного довольствия, а так же с приказом командира части, на основании которого производится удержание. Повторюсь, такой приказ не правомерен: для начала напишите заявление в военную прокуратуру на действия командира части и довольствующего органа (территориального УФО) , связанные с неправомерным удержанием из денежного довольствия. , если командир "наплюёт" на их представление, обращайтесь с таким же заявлением в гарнизонный военный суд.