Сейчас фата-морганой называют один из видов миражей, очень редко встречающийся (если интересно, то можете почитать о них статью, там есть свидетельства очевидцев -
http://www.vokrugsveta.ru/publishing/vs/archives/?item_id=1230 ). Называют их так, потому что в итальянских рыцарских эпосах ("Влюбленный Роланд" Боярдо, "Неистовый Роланд" Ариосто и др. ) миражи считали волшебством чародейки - что на итальянском звучит как фата - Морганы (персонаж она, надо сказать, отрицательный, активно мешающий героям и насылающий на них видения) . Именно ее и имел в виду Акунин.
А в итальянский эпос Фата Моргана пришла из британской легенды о короле Артуре. Там Моргана - единокровная сестра Артура, женщина незаурядной красоты и талантов, активно ведущая интриги против Артура.