1. Ontrack Easy Recovery (только под windows)- за деньги.
2. Photorec - бесплтаная опенсорсная (windows, linux...), но с текстовым интерфейсом.
http://en.wikipedia.org/wiki/Photorecс задачей легко справятся обе программы. Я восстанавливал файлы с отформатированной на низком уровне флешки.