По железной дороге. Хотя не всегда. В некоторых странах ширина колеи метро и железных дорог не совпадает, тогда везут автотранспортом. Или ставят на железнодорожную платформу (плоский вагон). Так что по всякому бывает.
А место соединения железнодорожной и метрошной сети называется гейтом (от англшийского gate - ворота). Правда не везде они есть. Вот в Казани пока гейта нет, так вагоны до города привезли по ЖД, а потом поставили на волокуши-сани (без колёс!) и армейскими тягачами прямо по асфальту таким манером тащили в в депо. Вот как это выглядело:
В народе это явление назвали пуском "метроавтобуса". Прямо розыгрыш из этого сделали (мол, пустили новый вид транспорта на какой-то там подушке).