Существует ли какая-нибудь программа для проверки exe файлов на целостность?

Обычно битые файлы вообще не запускаются, особенно исполняемые.
А вот проверить файл на "повреждённость" можно с помощью MD5 сумм (и ему подобных) .

Но надо для этого знать MD5 цельного файла