Создавай текстовый документ. Изменяй последние три его буквы в имени с .txt на .bat и внутри пиши примерно следующее:
@ECHO OFF
SET BINDIR=%~dp0
CD /D "%BINDIR%"
"%ProgramFiles%\Java\jre7\bin\java.exe" -Xincgc -Xmx1G -jar craftbukkit-1.2.5-R4.0.jar
PAUSE
-Xmx1G - это количество оперативной памяти, выделяемой серверу. 1G - 1 гигабайт
craftbukkit-1.2.5-R4.0.jar - замени на свое имя файла сервера.
Рекомендую почитать это:
http://ru.minecraftwiki.net/Bukkit И скачать сервер тут:
http://dl.bukkit.org/ плагины для сервера искать тут:
http://rubukkit.org/