C кем остается ребенок после развода если он гражданин РФ, а у матери другое гражданство.

Не правильно ставите вопрос, - ребёнок - гражданин РФ и как любой несовершеннолетний гражданин РФ, может быть вывезен за границу только с письменного и нотариально заверенного согласия обоих родителей (или одного, если второй вывозит ребёнка) .
Следовательно, гражданкой какой бы страны Вы не являетесь, Вам не разрешат вывести ребёнка без согласия отца.

Dura lex sed lex

Относительно того, с кем останется ребёнок:
Если Вы будите судится с мужем в России, то решение суда будет обязательно к исполнению.
Если дело будет рассматривать украинский суд, то суд РФ вправе вынести другое решение по встречному иску, и исполнение судебного решения будет производиться согласно приговору суда РФ.

Данный вопрос возможно разрешить только в судебном порядке, на территории РФ и по законодательству РФ.
Из вопроса следует понимать, что ребенок является гражданином РФ, если "прописан с ним" и "Разрешение на вывоз.... он не дает... ", также следует понимать, что супруги совместно проживают в РФ.
Согласно СК РФ и Минской конвенции права и обязанности в отношении детей определяются законодательством государства, на территории которого супруги имеют совместное место жительства. При отсутствии совместного места жительства родителей и детей права и обязанности родителей и детей определяются законодательством государства, гражданином которого является ребенок.

Если ребенок родился в России, то он по рождению гражданин России. Если суд признает, что отец в состоянии нормально воспитывать мальчика, то он останется с отцом. При вынесении решения гражданство ребенка будет решающим.