Почему при подведении итогов инвентаризации склада, не учитывают излишки?

Существуют Методич. рекомендации по проведению инвентарицаций, утвержденные приказом Минфина № 49. Дословно там сказано так:
"п. 5.3 Взаимный зачет излишков и недостач в результате пересортицы может быть допущен только в виде исключения за один и тот же проверяемый период, у одного и того же проверяемого лица, в отношении товарно-материальных ценностей одного и того же наименования и в тождественных количествах. О допущенной пересортице материально ответственные лица представляют подробные объяснения инвентаризационной комиссии.. .
п. 5.4. Предложения о регулировании выявленных при инвентаризации расхождений фактического наличия ценностей и данных бухгалтерского учета представляются на рассмотрение руководителю организации. Окончательное решение о зачете принимает руководитель организации. "
Т. е. если обнаружены излишки и недостача гвоздей разного размера и кладовщик дает объяснения, что он ошибочно отпустил одни гвозди вместо других, то это классическая пересортица и можно смело зачесть недостачу излишками.
Если же обнаружены излишки гвоздей и недостача насосов, то это уже не пересортица, согласитесь, ошибочно выдать насос вместо гвоздя не возможно. Зачесть недостачу насосов излишками гвоздей вы уже не сможете, эту недостачу придется отнести либо на МОЛ (если его вина доказана) , либо на убытки предприятия, а излишки гвоздей оприходовать, что и было, видимо, у вас сделано.
Что конкретно можно признать пересортицей (например, можно ли зачесть гвозди саморезами) , определяет инв. комиссия, для чего в ее состав и входят не только бухгалтера, но и технические специалисты.
Обратите внимание, что зачет по пересортице допускается только как исключение за один и тот же период, т. к. если прощать кладовщику такое постоянно, у него не будет стимула следить за порядком на складе, а то и вовсе начнет подменять более дорогой товар на более дешевый.
В любом случае, комиссия должна подготовить свои предложения по результатам инв-ии - что можно зачесть, а что признать окончательной недостачей, а разрешение на это дает руководитель своим приказом.