В словаре сокращений русского языка (
http://www.sokr.ru ) приводится целых восемь вариантов для слова "микрорайон":
мкр-н
мк-н
мкр.
мкрн
м/н
м-н
м/р-н
мрн.
Поскольку в других сокращениях приставка "микро-" пишется с "к" (например, "мкм" - микрометр) , то существующей традиции больше отвечают первые четыре сокращения. Из них наиболее употребителен вариант "мкр. " (со строчной буквы и с точкой в конце).