Можно ли тырить в Минобороны без ведома Главнокомандующего?

Да Вы батенька образцовый прапорщик! ;-))

Все он прекрасно знал и давал добро на мажинации.

Можно. Как и в любой другой структуре.

Абсолютно в любой фирме можно тырить без уведомления генерального директора. Поверьте моему завскладскому опыту.