Доброго времени суток. Подскажите должны ли в командировке оплачиваться по среднему выходные дни?

Нет. Только если вы привлекались к труду в выходные дни (есть приказ) , то они оплачиваются в соответствии со ст. 153 ТК РФ, а не по среднему заработку. Если же в выходные дни вы к работе не привлекались, то они оплате не подлежат. Согласно пункту 9 постановления Правительства РФ от 13.10.08 № 749, средний заработок за период нахождения работника в командировке, а также за дни нахождения в пути, в том числе за время вынужденной остановки в пути, сохраняется за все дни работы по графику, установленному в командирующей организации.