каки зеленые два с половинкой месяца малышу

А при чем здесь Изофра? Это местный антибиотик и может повлиять только на микрофлору носоглотки, но никак не кишечника.
Ребенок рождается со стерильным кишечником, который в процессе исключительно грудного вскармливания постепенно заселяется флорой. Первые полгода жизни для ребенка является нормальным физиологическое состояние, называемое "дисбиоз", т. е. недостаток кишечной флоры. Поэтому до 6 мес. жизни ребенку, находящемуся на исключительно грудном вскармливании, поставить диагноз "дисбактериоз" нельзя. Следовательно нет причины для беспокойства и лечения. Если помимо зеленого стула есть еще проблемы - диарея, пенистость стула, сильные колики, вздутие (живот твердый как барабан) , ребенок отказывается от груди и прочие проблемы, то тогда имеет смысл проверить на лактазную недостаточность (анализ кала на углеводы) . И Вам проанализировать свое питание. Первые месяцы при грудном кормлении питание должно быть полноценным, но диетическим при этом.