Можно просто удалить файл настроек "Preferences" и при запуске он будет создан снова.
Файл настроек Preferences находится в профиле, папка Default.
C:\Documents and Settings\...\Local Settings\Application Data\Google\Chrome\User Data\Default для ХР
C:\Users\...\AppData\Local\Google\Chrome\User Data\Default для Win 7
У меня это выглядит так: