Когда кофе наконец стало писаться в среднем роде, и почему так долго тянули с его неправильным устаревшим написанием?

С 1 сентября 2009 года. И это правильно. Не надо заморачиваться.
Кофе и должно быть по всем правилам русского языка среднего рода так же, как пальто, кашне, пенсне, шоссе, суфле, море, поле и т. п.
В России говорили раньше не кофе, а кофий, что было ближе языку.
А все возмущающиеся просто снобы, желающие показать свою псевдокультурность и возводить барьеры между людьми.
Тогда, если послушать как говорят сейчас москвичи, то это новояз какой-то и уже не совсем русский.