Хорошо ли называть ржаной хлеб чёрным?

Это корректно.

Примеры из "Википедии", причем не только на русском, но и на немецком (в немецкоговорящих странах можно купить более 600 сортов черного и белого хлеба "Allein im deutschen Sprachraum werden über 600 verschiedene Schwarz- und Weißbrotsorten angeboten."),:

"Бороди́нский хлеб — один из наиболее популярных на территории России и стран бывшего СССР сортов ржаного («ЧЕРНОГО») хлеба."
"Roggenvollkornbrot, auch Schwarzbrot genannt" - "ржаной хлеб, называемый также ЧЕРНЫМ."

Ржаной хлеб и ценится за свой вкус, который при правильной технологии, можно опосредованно определить по цвету. "Roggenvollkornbrot, auch Schwarzbrot genannt, entwickelt beim langsamen Backen eine Vielzahl von Röststoffen (siehe Maillard-Reaktion) und Abbauprodukten von Stärke (Karamell), die neben dem etwas süßlichen Geschmack auch für die dunkle Färbung verantwortlich sind. Bei industriell hergestelltem Roggenvollkornbrot wird der Backvorgang in der Regel abgekürzt und die Dunkelfärbung sowie die süßliche Geschmacksnote zumindest teilweise durch Zuckerrüben- oder Karamellsirup erzeugt. Bei abgepacktem Brot müssen diese Zusätze deklariert werden."
Ржаной хлеб, назывемый также черным, в процессе медленного хлебопечения приобретает сладковатый привкус и темную окраску из-за брожения и распада белка и крахмала, что в промышленном производстве достигается добавлением сахарного или карамелизорованного сиропа."

Ржаной хлеб должен содержать не менее 90% ржаной муки, иначе это смешанный - "серый" хлеб.

Хотя темный хлеб можно получить и из пшеничной муки (например, из полбы ), не только из-за сорта, но и из-за неправильной технологии изготовления. Отсюда и негативный налет на понятие "черный хлеб" как на хлеб, испеченный неумехой из белой пшеничной муки.