Ничем. Расширение EXE позволяется ОС (операционной системе Windows), счтиать файл исполнимым (то есть сождержащим некоторый набор инструкций (можно сказать программу)) . В принципе, любой файл переименованный к расширению EXE будет ОС (Windows) восприниматься как программа. С другой стороны, любой EXE файл, переименованный в DOC например запустить уже не удастся.
Вообще расширения придуманы (одна из причин) для связи файлов с исполняющими программами. К примеру, открывая файл DOC, запускается приложение, установленное в системе и привязанное к этому расширению. Затем этому приложению передаётся адрес самого DOC файла, с которым это приложение (WORD обычно) дальше и работает.
EXE - (от EXEcutable) исполнимые файлы.
Можно почитать ещё здесь
http://ru.wikipedia.org/wiki/Расширение_файла и здесь
http://ru.wikipedia.org/wiki/.EXE