какими законами регулируются штрафные санкции за просрочку выполнения работ в гос контрактах?

Гражданский кодекс Российской Федерации;
Федеральный закон Российской Федерации от 21 июля 2005 г. N 94-ФЗ "О размещении заказов на поставки товаров, выполнение работ, оказание услуг для государственных и муниципальных нужд"

Прежде всего договором на выполнение работ.
А в законах так и пишется "Как указано в договоре"

читайте договор