Почему слово "Йод" пишется через "Й", а "Ёж", через "Ё"?

В русской графике, в русском алфавите 33 буквы. А звуков – 47. Возникает вопрос: как при помощи 33 букв мы обозначаем все 47 звуков? Обозначаем (и успешно), потому что у нашей русской графики есть свой принцип – слоговой. Согласно этому принципу буквы е, ё, ю, я обозначают два звука: 1) в начале слова (ель, ёж, юла, яблоко); 2) после гласных звуков (всуе, моё, мою, моя); 3) после разделительных ь и ъ знаков (о ручье, ручьём, ручью, ручья; въезд, объём, подъюлить, объять). Это – принцип. И согласно этому принципу надо бы (как Вы и указываете) писать ёгурт, ёд, маёр, ёга. А раз есть принцип, будут и отступления. И одно из таких отступлений – написание иноязычных слов. Язык графически помечает чужеземцев. Именно поэтому во многих иноязычных словах вместо букв е, ё, ю, я в указанных случаях пишется соответственно йе, йо, йя.

А «йод» происходит от греческого прилагательного «йодэс» - «фиолетовый».