Как добавить свой код в другую программу (*.ехе)

найди исходник проги
или используй деассемблер(помоему так пишется)
ехе-шники это уже потоки машинных команд

Сложно сделать это так, чтобы исходная программа продолжала нормально работать.
Проще всего поступить иначе: исходную программу держать в качестве ресурса внутри собственной, после запуска извлечь куда-нибудь и запустить на выполнение.

Самый лучший вариант использовать SoftIce - ну очень нороший
отладчик програм.

Определить какие процессы запускает программа, и цепляться к ним. А вообще если программа не обладает каким либо программным интерфейсом, для подключения внешнего модуля, любой модифицирующий её код классифицируется как вирус.